Za potrebe čišćenja, ispiranje bunara pod visokim pritiskom često je najefikasnija metoda. Mora se osigurati da se šljunak filtra u prstenu bunara isprati, posebno kod čišćenja bunara sa čekićem ili nabijanja bunara.
Ako ispiranje kroz filtarske cijevi ne donosi željeni uspjeh ili ako filtri nakon kratkog vremena ponovo smanje količinu pumpane vode, bušotine se moraju izbušiti pored bunara. U njih se mogu umetnuti glave za ispiranje pod visokim pritiskom za čišćenje šljunka filtra. Ispiranjem se fiksne nakupine više ne mogu olabaviti.
U slučaju većeg zamuljivanja pijeska, blata ili olabavljenih nanosa, u bušotini treba osloboditi prodrle čestice pomoću drugog uranjanja. Da bi se očistila eventualno postojeća pumpa, trebalo bi provoditi dugotrajno, ravnomjerno ispiranje normalnim pritiskom, a pumpu treba nekoliko puta isključiti i ponovo uključiti.
